Бұхара мемлекеттік медицина институты 1990 жылы Министрлер Кабинетінің шешімімен құрылды. 1991 жылы наурызда институтқа ұлы ғұлама Әбу Әли ибн Синаның есімі берілді.

1991 жылы емдеу факультеті, 1992-1993 оқу жылында стоматология факультеттері жұмыс істей бастады.

Институттың қалыптасуы мен дамуына үңілсек, 1991 жылы университетте бір ғана сала – емдеу ісі мамандығы бойынша оқытылып, кейін 4 білім саласы бойынша жоғары білімді мамандар даярлауға қол жеткізілді.1992 жылдан бері стоматология саласында қызмет етіп келеді. , 1999 жылы жоғары мейірбике ісі саласында, 2001 жылы медициналық-педагогикалық жұмыс саласында. 2017 жылдан педиатрия, 2018 жылдан медициналық профилактика және емдеу. Қазіргі таңда білім беру саласында 7 бакалавр, 11 магистр және 40-тан астам клиникалық ординатура дайындалуда.

Институттың тарихи қысқа мерзім ішінде 8500-ден астам адам оқытылды, оның ішінде 5448-і емдеу ісі, 2510-ы стоматология, 507-і медициналық педагогика, 322-і жоғары мейірбике ісі бойынша.