Әндіжан мемлекеттік медицина институты 1955 жылы Әндіжан қаласында құрылған.

Бүгін институтта медицина, педиатрия, стоматология факультеттері және кәсіптік білім беру, жоғары мейірбике ісі, фармация, медициналық профилактика салаларында 29 мамандық бойынша бакалаврлар мен магистрлер. Сонымен қатар, дәрігерлердің біліктілігін арттыру және қайта даярлау факультетінде алқаптық аймақтар дәрігерлерінің біліктілігін арттыру курстары ұйымдастырылды.

Институтта 4 та емдеу, педиатрия, стоматология және дәрігерлерді даярлау және қайта даярлау, 7 та медициналық жұмыс, педиатрия, стоматология, кәсіптік білім беру, жоғары мейірбике ісі, профилактикалық медицина және фармация саласындағы бакалавриат бағдарламалары, 29 та магистратура мамандықтары бойынша оқу процесі ұйымдастырылған. Өзбекстан Республикасы Президентінің 2017 жылғы 20 сәуірдегі № PQ 2909 қаулысына сәйкес 2019-2020 оқу жылынан бастап магистратураға 2 та эндокринология және фармакология жаңа мамандықтары құрылды