Бердақ атындағы Қарақалпақ мәмлекетлик университети 1976-жылы Т.Г.Шевченко атындағы Қарақалпақ мәмлекетлик педагогикалық институты базасында қурылып, кейін университет Нөкис мәмлекетлик университети деп аталды.

Қарақалпақстан Республикасы Жоқарғы Кеңесиниң 1992-жыл 25-январдағы 274-санлы қаулысы менен Бердақ атындағы Қарақалпақ мәмлекетлик университети болып аталды.

Еліміздегі жалғыз жоғары оқу орны Қарақалпақ мемлекеттік университетінің педагогикалық факультеттері негізінде қазіргі Әжинияз атындағы Нөкіс мемлекеттік педагогикалық институты, Ташкент мемлекеттік ақпараттық технологиялар университетінің Нөкіс филиалы, Ташкент аграрлық университетінің Нөкіс филиалы және Нөкіс филиалы Ташкент педиатриялық институты бөлініп кетті.

ФАКУЛЬТЕТТЕР: Қарақалпақ филология факультети, өзбек филологиясы факультети, тарих-ҳуқуқ факультети, социал-экономикалық факультет, дене шынықтыру факультети, химия-технология факультеті, физика-математика факультеті, жаратылыстану факультеті, технология факультеті, шетелдер факультеті Тілдер