1348 ғасырдың ортасында Шыңғыс хан мен оның мұрагерлері басып алған жерлер мен билік үшін күрес күшейді. 1336 жылға қарай Шығыс Түркістан жерінде Моңғолия феодалдық мемлекеті құрылып, оған Шығатай әулетінен шыққан Тұғлұқ Темір хан көтерілді. Тұғлұқ Темур ерте кезден-ақ өз территориясын кеңейту мақсатында Мовароуннахр жерінде бірнеше әскери қимылдар ұйымдастырды. Осындай ішкі соғыстар өршіп, әлеуметтік, экономикалық, саяси дағдарыстар шиеленісіп тұрған шақта монғол басқыншыларына қарсы күресте аты шыққан ұлы шебер, шебер қолбасшы Әмір Темір тарих саласына енді. Әмір Темір 8 жылы 736 сәуірде (сейсенбі, шағбан, хижра 25 жылы) Шахрисабз маңындағы Қожа Илгор ауылында Барлос билерінің бірі Мұхаммед Тарағайдың отбасында дүниеге келген. Әкесі Тарағай Баходир Қашқадария алқабындағы Барлос руының басшысы, Қожа Илгор ауылынан болған. Оның анасы Такина Мох бегим болатын. Әмір Мұхаммед Тарағай ең алдымен кәміл мұсылман, ержүрек жауынгер болған. Ол өз заманының беделді, беделді, парасатты, өзін-өзі қамтамасыз ететін тұлғаларының бірі болғандықтан, жас шағында отбасында жақсы білім алып, тәрбиеленген.
Әмір Темір 12 жасынан бастап балалар ойынын тастап, әскери ойындармен айналысады. Темір 16-18 жасында семсерлесу, найза ату, аңшылық өнерін меңгеріп, 20 жасында шебер шабандоз болды. Қазір қатарластарын топқа бөліп, жауынгерлік жаттығуларды өткізуге кіріседі. Әмір Темірдің ағасы қажы Барлос Кеш қаласының әкімі болған. Темір жас кезінен-ақ өзінің айналасына Барлос руынан шыққан жас жауынгерлерді жинап, әскери епті адам болған. 1360-1361 жылдары Тұғлұқ Темур еш қарсылықсыз Мовароуннахр жеріне басып кіргенде, қажы Барлос Хорасанға қашады. Ұлттық намыс пен отансүйгіштік сезімі жоғары жас Темір нағашысы басқарған жерлерді жауға бермеу үшін Тұғлұқ Темірдің қызметіне кіріп, көп ұзамай сенімін ақтап, елін билеу туралы куәлік алады. Кеш ауданы.
Әмір Темірдің бұл еңбегі Мовароуннахрдағы саяси ыдыраудың өзара күрес пен бейберекеттік үстемдік еткен тұста бірден-бір жолы болды. Өйткені Мовароуннахр әмірлерінің Тұғлұқ Темірге қарсы көтерілісі Мовароуннахр жерлерін моңғол басқыншылары тағы бір рет талқандауға әкеп соғатыны сөзсіз. 1361 жылы Тұғлұқ Темір Мовароуннахр жерлерін басқаруды тәжірибесіз ұлы Ілиясқожаға тапсырды. Бірақ Темір Ілиясқожаға қызмет етуден бас тартып, сол кезде Балхтың әкімі болған Әмір Қазақанның немересі Әмір Хусейнмен одақ құрады. Темір өз билігін нығайту үшін моңғолдарға қарсы соғыса бастады. Жергілікті билік үшін болған шайқастардың бірінде, дәлірек айтсақ, Сейстандағы түрікмендерге қарсы шайқаста оң қолы мен оң аяғынан жараланып, өмір бойы ақсақ болып қалады.
1363 жылы Тұғлұқ Темірдің өлімі Мовароуннахр үшін күресті күшейтті. Бірақ моңғол басқыншылары Мовароуннахр жерінен оңайлықпен бас тартпайтыны белгілі болды. Осыған байланысты Әмір Темір мен Тұғлұқ Темір қайтыс болғаннан кейін Мовароуннахрдан қуылған Әмір Хусейннің біріккен жасақтары 1365 жылы Ілиясқожа жасақтарына қарсы одақтас соғыса бастады. Ташкент пен Қытай арасындағы атақты «балшық шайқасы» одақтастар арасындағы келіспеушілік салдарынан жеңіліспен аяқталады.
Осы оқиғалардан кейін Әмір Хусейн мен Әмір Темір арасындағы алғашқы қақтығыс басталады. Балшық шайқасында жеңіске жеткен Ілиясқожаның Мовароуннахрға дейін кең жолы болды.
Ол көп әскермен Самарқанға жорық жасайды. Осы кезде Сарбадар бастаған Самарқандағы Мавлонзода мен Әбу Бәкір Ілиясқожаға қарсы шықты. Жергілікті халықтың патриоттық қарсылығына байланысты Самарқанды біраз уақыт қоршауда тұрған моңғол жасақтары Мовароуннахрды толығымен тастап кетуге мәжбүр болды.
Мовароуннахрда моңғолдарды жеңгенін естіген Әмір Темір мен Әмір Хусейн Мовароуннахрға бет алып, Самарқанд маңындағы Конигил деген жерде сарбадарлардың басшыларымен кездеседі. Бұл кездесуде келіспеушілік туындап, сарбаздардың басшылары айламен өлтіріледі. Мовароуннахрда Самарқанд тағына Әмір Хусейн отырды және оның билігі қалпына келтірілді. Осы кезден бастап Әмір Хусейн мен Әмір Темір арасындағы қарым-қатынас бұрынғыдан да шиеленісе түсті.
Бұл кезге дейін Мовароуннахрдың барлық жерінде азаматтық соғыстардан кейін әлеуметтік-экономикалық жағдай нашарлады. Осындай кезеңде елде азаматтық соғыстарды тоқтататын орталықтандырылған мемлекеттік жүйені құру аса қажет болды. Осыны түсінген Әмір Темір Әмір Хусейнге қарсы жасырын соғысып, 1370 жылы Мовароуннахр тағына отырады.
Атамекенге деген қамқорлық, атамекеннің тәуелсіздігін қалпына келтіру идеясы сол жылдары туындап, Балхта шақырылған съезде Әмір Темір Мовароуннахр әмірі болып жарияланды. Бірақ елдің жағдайы ауыр еді. Мовароуннахр аймағы моңғол басқыншыларынан әлі толық азат етілген жоқ, қайыршылыққа сотталған еңбекшіл халық ауыр күндерді бастан кешірді. Әмір Темір таққа отырғанда ең бірінші қозғалыс елді моңғол басқыншыларынан азат ету және дербес орталықтандырылған мемлекет құру болды. Ол ел басқарудың жаңа және кемел ережелерін енгізді. 1370 жылдың өзінде-ақ Әмір Темір Самарқанд қаласының қабырғасын тұрғызды
кіреді. Ол сонымен қатар сарайлар мен сарайлар салады. Бұл құрылыстар моңғол шапқыншылығынан кейін 150 жылдан кейін салынған бірінші құрылыс болды.
