O‘zbekiston Respublikasi Prezidentining 1992–yil 28–fevraldagi «Respublikada yangi ta’lim o‘rinlarini tashkillashtirish haqida»gi Farmoniga, O‘zbekiston Respublikasi Vazirlar Maxkamasining 1992-yil 11-martdagi qarori asoslanib, Qoraqalpoq davlat universiteti qishloq xo‘jaligi iqtisodiyoti fakulteti bazasida, Toshkent davlat agrar universitetining Nukus filiali tashkillashtirildi.

FAKULTETLARI: Qishloq xo’jalig’i menedjmenti va zootexniya, Agronomiya, Agroinjeneriya

Qoraqalpog‘iston qishloq xo‘jaligi va agrotexnologiyalar instituti “Qoraqalpog‘iston qishloq xo‘jaligi va agrotexnologiyalar institutini tashkil etish chora-tadbirlari to‘g‘risida” Hukumat qaroriga (275-son, 04.05.2021 y.) muvofiq, 2021/2022 o‘quv yilidan Toshkent davlat agrar universitetining Nukus filiali negizida tashkil etildi.

Institutda taʼlimning kredit-modul tizimi joriy etilgan, shuningdek, haftada besh kunlik o‘qish hamda haftaning shanba kuni mustaqil o‘zlashtirish kuni deb belgilandi.

2022/2023 o‘quv yilidan Institut tuzilmasida Germaniya Xalqaro hamkorlik tashkiloti bilan hamkorlikda “Geoaxborot tizimlari” markazi va laboratoriyasi tashkil etiladi.

Shuningdek, Institut huzurida davlat muassasasi shaklidagi “Moyli ekinlar seleksiyasi, urug‘chiligi va yetishtirish agrotexnologiyalari” o‘quv-ilmiy markazi faoliyati yo‘lga qo‘yiladi.